Cục Y tế dự phòng là cục chuyên ngành thuộc Bộ Y tế, giúp trưởng Bộ Y tế thực hiện chức năng quản lý nhà nước và tổ chức thực hiện các quy định của pháp luật về lĩnh vực lĩnh vực y tế dự phòng trong phạm vi cả nước bao gồm: phòng, chống bệnh truyền nhiễm, bệnh chưa rõ nguyên nhân, bệnh xã hội; phòng, chống bệnh không lây nhiễm; sức khoẻ trường học; dinh dưỡng cộng đồng; kiểm dịch y tế biên giới; hoạt động chăm sóc sức khỏe ban đầu và nâng cao sức khỏe cho người dân tại cộng đồng; sử dụng vắc xin, sinh phẩm y tế; xét nghiệm thuộc lĩnh vực y tế dự phòng, an toàn sinh học trong phòng xét nghiệm; quản lý nhà nước các dịch vụ công thuộc lĩnh vực y tế dự phòng.
 

- Phòng Kế hoạch Tài chính;

- Phòng Pháp chế - Thanh tra;

- Phòng Truyền thông - Chỉ đạo tuyến;

- Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm;

- Phòng kiểm dịch y tế biên giới;

- Phòng kiểm soát bệnh không lây nhiễm và sức khoẻ trường học;

- Phòng Quản lý Vắc xin và xét nghiệm;

- Tạp chí Sức khoẻ và Kiểm soát  dịch bệnh.

(Đính kèm Quyết định số 468/QĐ-BYT ngày 10/02/2014 Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Y tế dự phòng thuộc Bộ Y tế)