Tổ chức và cơ chế hoạt động 

1. Lãnh đạo Cục: gồm Cục trưởng và không quá 03 Phó Cục trưởng.
Cục trưởng và các Phó Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo các quy định của pháp luật. 
Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Y tế và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Cục. Các Phó Cục trưởng giúp việc cho Cục trưởng và được Cục trưởng giao phụ trách một số công tác, chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và trước pháp luật về các nhiệm vụ được giao.

2. Cơ cấu tổ chức
a) Văn phòng Cục;
b) Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm;
c) Phòng Kiểm soát bệnh không lây nhiễm;
d) Phòng Quản lý tiêm chủng và An toàn sinh học;
đ) Phòng Y tế công cộng và Dinh dưỡng.

3. Cơ chế hoạt động:
a) Cục Y tế dự phòng hoạt động theo chế độ thủ trưởng;
b) Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Văn phòng Cục, các phòng thuộc Cục do Cục trưởng quy định trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục đã được Bộ trưởng Bộ Y tế giao. Mối quan hệ giữa Văn phòng Cục, các phòng thuộc Cục do Cục trưởng quy định;
c) Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh lãnh đạo Văn phòng Cục, lãnh đạo các phòng thuộc Cục thực hiện theo quy định của pháp luật;
d) Các chức danh lãnh đạo Cục, lãnh đạo Văn phòng Cục, các phòng thuộc Cục được hưởng phụ cấp theo quy định của pháp luật.

4. Biên chế
Biên chế của Cục Y tế dự phòng được xác định theo quy định của pháp luật về vị trí việc làm và được điều chỉnh theo nhu cầu vị trí việc làm do Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định trên cơ sở đề xuất của Cục trưởng Cục Y tế dự phòng.

5. Kinh phí: 
Kinh phí hoạt động của Cục Y tế dự phòng do ngân sách nhà nước cấp và các nguồn kinh phí hợp pháp khác.